Die Untere Havel (UHW) soll künftig von Frachtschiffen der "Europa"-Klasse befahren werden. Durch die größere Verdrängung dieser Schiffe wird in der Nähe der Fahrrinne mit verstärktem Wellenschlag gerechnet. Um die möglichen Auswirkungen auf das Makrozoobenthos zu prognostizieren, erfolgte im Jahr 2004 die bislang umfangreichste Untersuchung der aquatischen Wirbellosenfauna in diesem Flussabschnitt. Die Arbeiten wurden im Auftrag des Wasserstraßenneubauamtes Berlin und der Bundesanstalt für Gewässerkunde Koblenz ausgeführt. Zeitgleich erfolgte eine Untersuchung der Schiffswellen und eine Modellierung der Windwellen durch die Bundesanstalt für Wasserbau (BAW).

Die Havel entspringt der Südmecklenburgischen Seenplatte und nimmt in Berlin die Spree auf. Mit einer Lauflänge von 325 km und einem Einzugsgebiet von rund 24.000 km² ist sie der größte rechtsseitige Zufluss der Elbe. Durch das, von künstlichen Stauhaltungen beeinflusste, extrem geringe Gefälle besitzt die Untere Havel überwiegend Stillgewässercharakter, zwischen Berlin und Premnitz haben sich zahlreiche Flussseen ausgebildet. Das Untersuchungsgebiet liegt westlich von Berlin und erstreckt sich zwischen der Ortschaft Ketzin und der Stadt Brandenburg (UHW-km 37,5-54,0). Im nördlichen Teil ist mit dem Trebelsee ein typischer Flusssee enthalten. Der südlich anschließende Verlauf der Havel wird durch mehrere künstliche Mäander-Durchstiche geprägt, dadurch entstanden zahlreiche Inseln und viele Seitenarme, die sich heute in unterschiedlichen Verlandungsstadien befinden. In weiten Teilen besitzt der Fluss noch unbefestigte Sandufer, an einigen Stellen sind dem Ufer ausgedehnte Sandbänke im Flachwasser vorgelagert. Die Ufer der Seiten- und Altarme werden von mächtigen Röhrichten gesäumt, die zumeist von Typha spp. oder Phragmites australis dominiert werden und häufig mit Hochstauden und Gräsern durchsetzt sind.

Im Verlauf der Untersuchung im Herbst 2004 wurden die vier hauptsächlich vorkommenden Substrate (Typha- und Phragmites- Röhrichte, Sandgrund und Steinschüttung) an jeweils 60 Punkten bis zu einer maximalen Tiefe von 0,5 m halbquantitativ und qualitativ beprobt. An mit Steinschüttung befestigten Ufern wurden Steine in einer wassergefüllten Schale abgebürstet und das suspendierte Material anschließend gesiebt. Der Sandgrund wurde durch Kicksampling beprobt, die Röhrichte abgekeschert. Die naturschutzfachliche Wertigkeit der Lebensgemeinschaften an den einzelnen Probestellen wurde anhand des Vorkommens gefährdeter Arten und der Artenzahlen (jeweils bezogen auf die Mittelwerte der einzelnen Substrate) berechnet.

Insgesamt konnten 171 Taxa des Makrozoobenthos nachgewiesen werden. Es überwiegen erwartungsgemäß Arten des Potamals und Limnals. Naturschutzfachlich besonders bemerkenswert ist die Libellen- Weichtier und Egelfauna des Flussabschnitts, zu erwähnen sind hier z.B. die Libellen Aeshna isosceles, Libellula fulva und Gomphus vulgatissimus, die Weichtiere Sphaerium solidum und Marstoniopsis scholtzi sowie die Egel Erpobdella monostriata, E. vilnensis, Glossiphonia concolor und Placobdella costata.